Oberstes Organ der NeuenDB ist der jährlich stattfindende Burschentag. Alle zwei Jahre wählt dieser fünf Vorstandsmitglieder sowie jährlich die vorsitzende Burschenschaft. Die Vorsitzende entsendet zwei Vertreter in den Vorstand, der somit sieben Personen umfasst. Burschentag oder Vorstand – je nach Zuständigkeit – treffen Entscheidungen bezüglich der Institutionen.

Fuxentagung

Auf der jährlich stattfindenden Fuxentagung in Eisenach treffen sich die jungen Verbandsbrüder, um sich gegenseitig kennenzulernen, selbständig aus Sicht der Jugend burschenschaftliche Themen aufzugreifen und an historischen Orten burschenschaftliche und deutsche Geschichte zu erfahren.

Delegiertentage

Delegiertentage fördern Kommunikation und Gedankenaustausch im Dachverband. Sie dienen in erster Linie dazu, Themen und Anträge im Vorfeld und im Nachgang des Burschentages zu besprechen. Die vorsitzende Burschenschaft ist verantwortlich für Einladung und Durchführung. Sie kann bei Bedarf zusätzliche Delegiertentage einberufen.